Dans les systèmes aquaponique, maintenir des niveaux de nitrates sûrs c'est essentiel. La nitrification est définie comme étant le processus par lequel de l'ammoniac est oxydé en nitrite puis en nitrate et en eaux usées à l'aide de bactéries et de réactions chimiques. Des bactéries oxydant l'ammoniac convertir l'ammoniaque en nitrite tandis que les bactéries oxydant le nitrite de convertir le nitrite en nitrate à l'aide d'oxygène.
La nitrification dans un système aquaponique est vital, à la fois comme l'ammoniaque et les nitrites sont nocifs et toxiques pour les poissons. Toutefois, le nitrate est pas très nocif pour les poissons, les plantes, et permet de produire des protéines et des acides nucléiques. Le système doit être contrôlée régulièrement pour l'ammoniac, nitrite, nitrate, et les niveaux de pH. Les bactéries nitrifiantes vit dans le gravier du réservoir de poissons et le lit de la croissance.
Le processus de la nitrification qui se passe sur son propre. Aucun des bactéries ou d'autres produits chimiques doivent être ajoutés à l'eau. En fait, le processus est naturelle. Les déchets de poisson sert l'objectif d'engrais synthétiques, tandis que les plantes aident à nettoyer l'eau pour un environnement sain pour les poissons de vivre. Ce déchets de poisson est utile pour la croissance des plantes, mais contient des concentrations élevées d'ammoniac qui peuvent être nocifs pour les poissons eux-mêmes. Ainsi, l'ajout de poissons au système multiplierait ammoniac. Cependant, le poisson ne doit pas être encombré de maintenir des niveaux de nitrates sûres.